A kiadó pályafutása a Baranyai Megyei Könyvtár keretében 1985-ben kezdődött a Pannonia Könyvek sorozatának kiadásával, Tüskés Tibor szerkesztésében, melynek irányítását pár évvel később Dr. Szirtes Gábor vette át. A kiadó tevékenységének középpontjában Pécs, Baranya és a dél-dunántúli régió kiemelkedő helytörténeti, művelődés-, irodalom-, tudomány- és művészettörténeti tanulmányainak, valamint kortárs szépirodalmi, irodalomelméleti és történeti munkáinak kiadása áll.

Évente 15-20 országos terjesztésű kötettel jelentkezik. Hat önálló könyvsorozatot gondoz:

– Irodalmunk forrásai

– Pécsi Tudománytár

– Pannonia Tankönyvek

– Bauhaus pécsi mesterei

– Dél-Dunántúl festett templomai

– Thienemann-előadások.

Tüskés Tibor, majd Dr. Szirtes Gábor irányításával a Pro Pannonia Kiadó életében példátlanul rangos könyvkiadás vette kezdetét, mely a baranyai és a regionális értékek megőrzését és bemutatását országosan is kimagasló színvonalon művelte. Az utóbbi harminc év során a prózának és a költészetnek, valamint a tudományos ismeretterjesztő irodalomnak kivételesen igényes, színvonalas bemutatása a pécsi értékmegőrzésnek mintaszerű példája lett. A bemutatottak között szerepeltek Takáts Gyula, Tüskés Tibor, Csorba Győző, Albert Zsuzsa, Lovász Pál, Bertók László, Göncz László, Kéri Katalin, Debreczeni László művei.