A Janus Egyetemi Színház 1996-ban jött létre. Pécsett korábban nagy hagyományai voltak az egyetemi színjátszásnak. Országos szakmai visszhangot keltett a Tanárképző Főiskola Nyitott Színpadának Örkény trilógiája a nyolcvanas években, a Pécsi Kisszínházban működő Egyetemi Színpad pedig nagy közönségsikerrel hozta létre a produkcióit a kilencvenes évek elején. De a ’90-es évek közepére az intézményi átszervezések és a költségvetési keretek csökkenése kiszorította az egyetemi színjátszást a város művészi – művelődési intézményeiből.
Ezért Mikuli János és Tóth András Ernő kezdeményezte, (több egyetemi tisztségviselő és oktató támogatásával) hogy a (J)PTE fenntartásával jöjjön létre diákszínház.
A JESZ első évadában már kialakult az a program, amely ma is alapjaiban határozza meg a a színház működését: Janus Egyetemi Színház saját bemutatói; képzések, tréningek, táborok és az ezekhez kapcsolódó egyetemista előadások; befogadó színházi előadások (a hazai alternatív és kísérleti színházak legjobb produkcióiból)
1997 őszén megnyílt az egyetem egyik épületének pincéjében a Janus Egyetemi Színház.
Az intenzív munka során kialakult és egyre képzettebbé vált az egyetemista színészgárda, de idősebb alternatív színészek és hivatásosok is tagjai a társulatnak. A JESZ a kezdetektől fogva több rendezővel dolgozik. Talán ez tette lehetővé, hogy a társulat nyitott tudott maradni, többfajta színházi nyelven képes megszólalni, és munkája folyamatos. 30-50 fős társulatával évente 4-5 bemutatót tart, és 80-90 alkalommal áll közönség elé.
A JESZ 1997-től jelen van a legfontosabb hazai alternatív fesztiválokon, produkciói több díjban részesültek. 1999-tõl pedig külföldi találkozókon képviselheti a hazai alternatív színjátszást.(Németország, Litvánia, Románia, Szerbia, Törökország, Belgium) A Janus Egyetemi Színház 1999 óta rendszeresen megszervezi az Egyetemi Színházi Fesztivált.
2000 tavaszán a JESZ színháztermének födémje megrepedt, alkalmatlanná vált a színházi munka befogadására, ezért a Janus Egyetemi Színház 2000 és 2002 között a Pécsi Nemzeti Színházban dolgozott, itt mutatta be előadásait. 2003 február elején elkészült a JESZ új játszóhelye az egyetemen (Szántó Kovács János u. 1.), amit 2008-ban átalakítottak. Generációk váltották egymást, de a színház munkája folyamatosan magas szintű maradt. (A JESZ 2006-ban a PTE Egyetemi Kultúráért elnevezésű díjában részesült) kapcsolatai kiterjedtek, fesztiválja nemzetközivé vált.
2011 őszén a 15 éves Janus Egyetemi Színház professzionális stúdiószínházi tereket vehetett birtokba a Zsolnay Kulturális Negyedben.